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직원 퇴사 후 세무처리 순서
직원이 퇴사하면 4대보험 상실신고만 하면 된다고 생각하기 쉽습니다. 그러나 세무처리 측면에서는 퇴사자의 마지막 급여를 반영하여 근로소득세를 정산하고 그 결과를 원천세 신고와 지급명세서 제출까지 이어서 처리해야 합니다.
이 글에서는 직원이 퇴사했을 때 사업주가 처리해야 할 업무를 4대보험 상실신고와 급여 관련 세무처리를 중심으로 순서대로 정리합니다.
1. 4대보험 자격상실 신고부터 확인합니다
직원의 마지막 근무일이 정해지면 먼저 4대보험 자격상실 신고를 해야 합니다. 자격상실일은 마지막 근무일의 다음 날입니다. 예를 들어 9월 30일까지 근무하고 퇴사했다면 10월 1일이 자격상실일이 됩니다. 마지막 근무일과 자격상실일을 같은 날로 처리하지 않도록 주의해야 합니다.
신고기한은 보험별로 다릅니다.
| 구분 | 신고기한 |
|---|---|
| 국민연금·고용보험 | 상실일이 속한 달의 다음 달 15일 |
| 건강보험 | 상실일부터 14일 이내 |
실무에서는 4대사회보험 정보연계센터를 통해 한 번에 신고하는 경우가 많으므로 퇴사가 확정되면 미루지 않고 처리하는 것이 좋습니다. 상실일이나 퇴사 사유를 잘못 입력하면 정정 업무가 발생하므로 실제 마지막 근무일을 기준으로 확인해야 합니다.
2. 마지막 급여를 지급할 때 중도퇴사자 연말정산을 합니다
직원이 연도 중에 퇴사했다면 그동안 매달 원천징수한 근로소득세를 정산해야 합니다. 일반 직원은 다음 해 2월분 급여를 지급할 때 연말정산을 하지만 중도퇴사자는 퇴직하는 달의 급여를 지급할 때 연말정산을 합니다.
예를 들어 2026년 9월에 퇴사하는 직원이라면 2026년 1월부터 퇴직일까지 지급한 근로소득과 이미 원천징수한 세액을 기준으로 세액을 다시 계산합니다. 그 결과 기존에 원천징수한 세액이 많았다면 환급액이 발생하고 부족했다면 추가로 징수할 세액이 생깁니다.
따라서 마지막 급여는 근무 기간의 급여만 계산하는 것이 아니라 중도퇴사자 연말정산 결과까지 반영하여 급여대장을 마감해야 합니다.
3. 정산 결과를 원천세 신고에 반영합니다
중도퇴사자의 근로소득세를 정산했다면 그 결과는 사업장의 원천세 신고로 이어집니다. 원천징수의무자는 급여를 지급한 달의 다음 달 10일까지 원천징수이행상황신고서를 제출하고 세액을 납부합니다.
예를 들어 9월 마지막 급여를 지급하면서 중도퇴사자 연말정산을 했다면 그 정산 결과를 9월 귀속·9월 지급분 원천세 신고에 함께 반영합니다. 다만 원천세 반기별 납부 승인을 받은 사업장은 신고·납부 시기가 다릅니다.
퇴사 처리를 검토할 때에는 4대보험 상실신고만 따로 보지 않고 마지막 급여의 급여대장 반영과 중도퇴사자 세액정산 그리고 원천세 신고 연결 여부를 함께 확인합니다.
4. 퇴사 후에도 지급명세서 제출 업무는 남아 있습니다
직원이 퇴사했다고 해서 그 직원의 소득자료 제출까지 끝나는 것은 아닙니다. 상용근로자의 근로소득 간이지급명세서는 반기별로 제출합니다.
| 근로소득 지급 시기 | 간이지급명세서 제출기한 |
|---|---|
| 1월~6월 | 7월 31일 |
| 7월~12월 | 다음 해 1월 31일 |
또한 근로소득 지급명세서는 해당 연도의 근로소득을 정리하여 다음 해 3월 10일까지 제출해야 합니다. 연도 중에 퇴사한 직원이라도 그 해에 급여를 지급했다면 제출 대상에서 빠뜨리지 않아야 합니다.
입사와 퇴사가 잦은 사업장은 퇴사자를 급여대장에서 제외하는 데에만 신경 쓰다가 지급명세서에서 누락하는 경우가 생깁니다. 지급명세서를 누락하면 가산세가 부과될 수 있으므로 퇴사 처리 절차를 미리 정해 두는 것이 좋습니다.
직원 퇴사 시 처리 순서
직원이 퇴사했다면 4대보험 상실신고에서 끝내지 말고 다음 순서대로 처리되었는지 확인하시기를 권합니다.
1. 4대보험 자격상실 신고(상실일은 마지막 근무일의 다음 날)
2. 마지막 급여 지급 시 중도퇴사자 연말정산
3. 정산 결과를 반영한 원천세 신고·납부(다음 달 10일)
4. 간이지급명세서 제출(반기별)
5. 근로소득 지급명세서 제출(다음 해 3월 10일)
단풍 세무회계에서는 직원 수와 급여 지급일 및 퇴사일을 바탕으로 급여와 4대보험 그리고 원천세 신고를 함께 관리하고 있습니다. 직원 입·퇴사에 따른 처리가 필요하시다면 상담 문의를 통해 연락 주시기 바랍니다.