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이직자·중도퇴사자·중도입사자의 연말정산 방법

이윤재 세무사 · 최종 검토 2026.10.28

연말정산은 1년 내내 한 회사에 다닌 근로자라면 비교적 단순합니다. 그러나 해마다 이직하거나 퇴사하거나 연중에 입사하는 근로자가 적지 않고 이런 경우에는 어디서 어떻게 정산해야 하는지 헷갈리기 쉽습니다. 정산을 잘못하면 돌려받을 세금을 놓치거나 5월에 추가로 신고해야 하는 일이 생깁니다.

이 글에서는 근로자의 상황을 이직자와 중도퇴사자 그리고 중도입사자로 나누어 연말정산 방법과 주의할 공제 항목을 정리합니다. 직원을 채용하거나 퇴사 처리하는 사업주께서도 함께 확인해 두시면 좋습니다.

1. 연말정산의 기본 원칙

연말정산은 12월 31일 현재 근무하는 회사가 진행합니다. 회사는 근로자가 1년간 받은 총급여에 각종 공제를 반영해 결정세액을 계산하고 매월 급여에서 미리 뗀 세금(기납부세액)과 비교해 차액을 돌려주거나 더 걷습니다.

결과	의미
결정세액 < 기납부세액	차액 환급(13월의 월급)
결정세액 > 기납부세액	차액 추가 징수

1년 동안 한 회사에만 다닌 것이 아니라면 아래 세 가지 경우로 나누어 보아야 합니다.

2. 연중에 직장을 옮긴 경우(이직자)

12월 31일 현재 새 직장에 다니고 있다면 현 직장에서 연말정산을 합니다. 핵심은 이전 직장의 근로소득을 합산하는 것입니다.

1. 이전 직장에서 근로소득 원천징수영수증을 발급받습니다.
2. 이 영수증을 현 직장 연말정산 담당자에게 제출합니다.
3. 현 직장은 이전 직장 소득과 현 직장 소득을 합산해 연말정산을 합니다.

합산하지 않으면

근로소득은 누진세율이 적용되므로 두 직장의 소득을 따로 정산하면 각각 낮은 세율 구간이 적용되어 세금이 적게 계산됩니다. 둘 이상의 근로소득을 합산해 연말정산하지 않았다면 다음 해 5월에 종합소득세 확정신고를 해야 하고 이때 추가 납부세액이 생깁니다. 신고하지 않으면 무신고가산세와 납부지연가산세가 붙을 수 있으므로 이직했다면 반드시 합산해 정산하는 것이 좋습니다.

3. 연중에 퇴사하고 현재 근무하지 않는 경우(중도퇴사자)

12월 31일 현재 직장이 없다면 회사를 통한 연말정산은 할 수 없습니다. 대신 퇴사할 때 회사가 마지막 급여를 지급하면서 중도퇴사자 정산을 해 줍니다.

원칙: 5월에 직접 신고해 추가 환급

중도퇴사자 정산은 대개 기본공제와 표준세액공제 정도만 반영해 마무리됩니다. 보험료·의료비·신용카드 같은 공제는 반영되지 않는 경우가 많습니다. 그래서 놓친 공제 항목을 챙겨 다음 해 5월 종합소득세 신고 기간에 홈택스로 직접 신고하면 추가 환급을 받을 수 있습니다. 5월 신고를 놓쳤더라도 5년 이내에 경정청구로 환급을 신청할 수 있습니다.

예외: 결정세액이 0원이면 실익이 없습니다

퇴사할 때 받은 근로소득 원천징수영수증의 결정세액이 0원이라면 다음 해 5월에 따로 신고할 실익이 없습니다. 결정세액이 0원이라는 것은 그해 미리 낸 세금을 퇴사 정산 때 이미 모두 돌려받았다는 뜻입니다. 공제를 더 넣어도 더 돌려받을 세금이 남아 있지 않습니다.

원천징수영수증 결정세액	5월 신고
0원	실익 없음
0원보다 큼	놓친 공제를 반영해 신고하면 추가 환급 가능

같은 해에 다른 소득(사업소득 등)이 있다면 결정세액과 관계없이 합산해 5월에 신고해야 합니다.

4. 연도 중에 입사한 경우(중도입사자)

12월 31일 현재 근무 중이므로 현 직장에서 연말정산을 합니다. 같은 해에 이전 직장이 있었다면 이직자와 같이 이전 직장 원천징수영수증을 함께 제출합니다.

중도입사자가 가장 많이 실수하는 부분은 입사 전 지출까지 공제에 넣는 것입니다. 공제 항목마다 인정되는 기간이 다릅니다.

근로를 제공한 기간의 지출만 공제되는 항목

1. 보험료·의료비·교육비 세액공제
2. 주택자금 소득공제(주택청약저축·전세자금대출 원리금·주택담보대출 이자)
3. 신용카드 등 사용금액 소득공제
4. 월세 세액공제

예를 들어 7월 1일에 입사했고 그해 다른 근무지가 없었다면 1월부터 6월까지 쓴 신용카드 금액이나 4월에 낸 병원비는 공제 대상이 아닙니다. 홈택스 연말정산 간소화 서비스에서 자료를 내려받을 때 월별 선택 기능으로 근무한 달(7월~12월)만 선택해야 합니다.

근무 기간과 관계없이 1년 치가 공제되는 항목

1. 기부금 세액공제
2. 연금계좌 세액공제(연금저축·IRP)
3. 국민연금 등 연금보험료 공제
4. 인적공제(기본공제·추가공제)

입사 전 지출을 잘못 넣어 과다하게 공제받으면 나중에 국세청 검증에서 추징되고 과소신고가산세까지 붙을 수 있습니다.

5. 상황별 체크리스트

상황	꼭 챙길 것
이직자	전 직장 근로소득 원천징수영수증을 현 직장에 제출
중도퇴사자	원천징수영수증 결정세액 확인 후 5월 신고 여부 판단
중도입사자	입사 후 지출분만 골라 공제 신청

사업주가 챙길 것

1. 퇴사자에게 중도퇴사자 정산을 하고 근로소득 원천징수영수증을 발급합니다.
2. 중도입사자가 이전 근무지 원천징수영수증을 냈는지 확인해 합산 정산합니다.
3. 근로소득 지급명세서는 다음 해 3월 10일까지 제출합니다.

직원이 퇴사할 때 사업주가 처리해야 할 일은 직원 퇴사 후 세무처리 순서에서 자세히 다루고 있습니다.

정리

1. 연말정산은 12월 31일 현재 근무하는 회사에서 합니다.
2. 이직자는 전 직장 소득을 합산해 정산하지 않으면 5월에 종합소득세를 신고해야 합니다.
3. 중도퇴사자는 결정세액이 남아 있다면 5월에 놓친 공제를 넣어 추가 환급을 받을 수 있습니다.
4. 중도입사자는 보험료·의료비·신용카드 등은 입사 후 지출분만 공제받을 수 있습니다.

연말정산은 1년간 일한 대가를 정당하게 정산받는 과정입니다. 단풍 세무회계에서는 사업장의 연말정산과 중도퇴사자 정산 그리고 지급명세서 제출까지 함께 관리해 드리고 있습니다. 직원 연말정산이 부담스러우시다면 상담 문의를 통해 연락 주시기 바랍니다.