실무 가이드 · 종합소득세

개인사업자가 종합소득세에서 받을 수 있는 세액공제와 감면

종합소득세 신고를 앞두고 근로자도 아닌데 공제받을 게 있느냐는 질문을 자주 받습니다. 실제로 의료비·교육비·보험료 세액공제는 원칙적으로 근로소득자만 받을 수 있어 개인사업자가 받을 수 있는 항목은 직장인보다 적습니다. 그래서 받을 수 있는 항목을 빠짐없이 챙기는 것이 더 중요합니다.

이 글에서는 개인사업자가 종합소득세에서 받을 수 있는 세액공제와 세액감면을 정리합니다. 과세표준을 줄여 주는 소득공제는 개인사업자가 종합소득세에서 받을 수 있는 소득공제에서 따로 다루고 있습니다.

1. 세액공제는 세금에서 직접 빼 줍니다

구분줄어드는 대상효과
소득공제과세표준공제액 × 적용 세율
세액공제산출세액공제액 그대로

산출세액이 300만원인데 세액공제가 100만원이면 결정세액은 200만원이 됩니다. 소득 수준과 관계없이 1원의 공제가 1원의 세금 절감으로 이어집니다. 다만 산출세액보다 많이 공제받을 수는 없으므로 낼 세금이 적은 해에는 효과가 제한될 수 있습니다.

2. 자녀세액공제

기본공제대상자인 8세 이상 자녀와 손자녀가 있으면 다음 금액을 공제합니다.

자녀 수공제액(연)
1명25만원
2명55만원
3명 이상55만원 + 2명 초과 1명당 40만원

해당 연도에 자녀를 출산하거나 입양 신고했다면 추가로 공제받습니다.

출산·입양 자녀추가 공제액
첫째30만원
둘째50만원
셋째 이상70만원

8세 미만 자녀는 자녀 수에 따른 공제 대상이 아니지만 출산·입양한 해에는 위 추가 공제를 받을 수 있습니다.

3. 연금계좌세액공제

연금저축계좌와 퇴직연금계좌(IRP)에 납입한 금액에 대해 세액공제를 받습니다. 퇴직금 제도가 없는 개인사업자에게는 노후 준비와 절세를 함께 할 수 있는 수단입니다.

종합소득금액공제율
4,500만원 이하15%
4,500만원 초과12%
공제 한도금액
연금저축계좌연 600만원
연금저축 + IRP 합계연 900만원

예를 들어 종합소득금액 4,000만원인 사업자가 연금저축 600만원과 IRP 300만원을 납입했다면 900만원 × 15% = 135만원을 공제받습니다. 다만 공제받은 납입액을 연금이 아닌 형태로 중도 인출하면 기타소득세(16.5%)가 부과되므로 장기간 유지할 수 있는 금액으로 납입해야 합니다.

4. 혼인세액공제

2024년 1월 1일부터 2026년 12월 31일까지 혼인신고를 한 거주자는 혼인신고를 한 해의 종합소득세에서 50만원을 공제받습니다. 생애 1회만 적용되며 부부가 각각 요건을 갖추면 각자 50만원씩 받을 수 있습니다.

결혼식 날이 아니라 혼인신고일이 속하는 연도를 기준으로 합니다. 2024년에 결혼식을 올리고 2025년에 혼인신고를 했다면 2025년 귀속 종합소득세에서 공제받습니다. 현행 법령상 2026년 12월 31일 이전 혼인신고분까지 적용됩니다.

5. 표준세액공제

근로소득이 없는 사업자가 별도의 특별세액공제를 신청하지 않으면 표준세액공제를 받습니다.

구분공제액(연)
성실사업자12만원
그 밖의 사업자7만원

성실사업자는 사업용 계좌를 신고·사용하고 신용카드·현금영수증 가맹점에 가입하는 등 법에서 정한 요건을 갖춘 사업자를 말합니다.

6. 기장세액공제

간편장부대상자가 복식부기로 장부를 작성해 신고하면 사업소득에 대한 산출세액의 **20%(한도 100만원)**를 공제받습니다. 신고해야 할 소득금액의 20% 이상을 누락하거나 장부와 증빙을 5년간 보관하지 않으면 적용되지 않습니다.

간편장부대상자라도 복식부기로 신고하면 이 공제를 받을 수 있고 장부를 근거로 결손금도 인정받을 수 있습니다. 적자인 해의 장부가 왜 중요한지는 적자인 해에도 장부를 써야 하는 이유와 이월결손금 공제에서 다루고 있습니다.

7. 성실사업자의 의료비·교육비·월세 세액공제

의료비와 교육비 세액공제는 원래 근로소득자만 받을 수 있습니다. 그러나 다음 중 하나에 해당하는 사업자는 2026년 귀속분까지 의료비·교육비·월세 세액공제를 받을 수 있습니다.

1. 성실신고확인대상사업자로서 성실신고확인서를 제출한 사업자
2. 성실사업자로서 2년 이상 계속 사업하고 수입금액이 직전 3년 평균의 50%를 넘는 등 요건을 갖춘 사업자

항목공제율
의료비15% (미숙아 20%, 난임시술 30%)
교육비15%
월세(종합소득금액 7,000만원 이하)15% (4,500만원 이하는 17%)

이 공제를 받은 뒤 사업소득을 일정 비율 이상 과소신고한 사실이 드러나면 공제받은 세액이 전액 추징되고 이후 3년간 공제를 받을 수 없습니다.

8. 중소기업 특별세액감면

중소기업 특별세액감면은 세액공제가 아니라 세액감면이지만 개인사업자에게 가장 큰 혜택이 될 수 있어 함께 정리합니다. 감면 업종을 경영하는 중소기업은 해당 사업장 소득에 대한 소득세의 일정 비율을 감면받습니다.

구분감면율
소기업 도·소매업, 의료업10%
소기업 수도권 그 밖의 감면 업종20%
소기업 수도권 외 그 밖의 감면 업종30%
중기업 수도권 외 도·소매업, 의료업5%
중기업 수도권 외 그 밖의 감면 업종15%

감면 한도는 연 1억원이며 상시근로자 수가 전년보다 줄면 1명당 500만원씩 한도가 줄어듭니다.

주의할 점은 모든 업종이 감면 대상은 아니라는 것입니다. 제조업·건설업·도소매업·정보통신 관련 업종 등은 감면 업종에 포함되지만 음식점업과 미용업 같은 개인 서비스업은 감면 업종에 포함되지 않습니다. 업종코드에 따라 결론이 달라지므로 사업자등록 업종을 기준으로 확인해야 합니다. 이 감면은 2028년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 적용됩니다.

9. 놓치기 쉬운 점

1. 보험료·의료비·교육비: 일반 개인사업자는 공제받을 수 없습니다. 성실사업자 요건을 갖춘 경우에만 의료비·교육비가 가능합니다.
2. 기부금: 사업소득만 있는 사업자는 기부금을 세액공제가 아니라 사업소득의 필요경비로 반영합니다.
3. 공제와 감면의 중복: 일부 세액공제와 세액감면은 함께 적용받을 수 없는 경우가 있으므로 어느 쪽이 유리한지 비교해야 합니다.
4. 최저한세: 감면과 공제를 받은 뒤의 세액이 일정 수준 아래로 내려가면 일부가 적용되지 않을 수 있습니다.

정리

1. 세액공제는 산출세액에서 직접 빼 주므로 공제액만큼 세금이 줄어듭니다.
2. 개인사업자는 자녀·연금계좌·혼인·표준·기장세액공제를 기본으로 확인합니다.
3. 성실사업자 요건을 갖추면 의료비·교육비·월세 세액공제를 받을 수 있습니다.
4. 중소기업 특별세액감면은 업종에 따라 대상 여부가 갈리므로 업종코드를 확인해야 합니다.

공제 항목은 아는 만큼 챙길 수 있고 잘못 적용하면 가산세로 돌아올 수 있습니다. 단풍 세무회계에서는 가족 구성과 업종 그리고 장부 유형까지 함께 검토하여 받을 수 있는 공제와 감면을 빠짐없이 적용하고 있습니다. 종합소득세 신고를 준비하고 계시다면 상담 문의를 통해 연락 주시기 바랍니다.